Khoa Công nghệ Sinh học thuộc quản lý của Trường Thủy sản và Khoa học sự sống, Trường Đại học Nha Trang, phát huy thế mạnh đào tạo và nghiên cứu của Nhà trường trong các lĩnh vực biển, thủy sản, công nghệ sinh học ứng dụng và khoa học sự sống. Ngành Công nghệ sinh học hiện có 02 CTĐT bậc Đại học, gồm CTĐT Công nghệ sinh học chuẩn và CTĐT Công nghệ sinh học Minh Phú thuộc chương trình đào tạo đặc biệt theo đặt hàng của doanh nghiệp. Đây là điểm nhấn giúp chương trình gắn kết chặt chẽ giữa đào tạo, thực hành nghề nghiệp, nhu cầu doanh nghiệp và cơ hội việc làm cho sinh viên.

Mục tiêu đào tạo
Đối với chương trình đào tạo áp dụng cho K67 trở về trước, ngành Công nghệ sinh học đào tạo Cử nhân có kiến thức nền tảng về khoa học tự nhiên, xã hội và nhân văn; có kỹ năng ngoại ngữ, công nghệ thông tin và các kỹ năng mềm phục vụ học tập, công việc và phát triển nghề nghiệp. Người học được trang bị kiến thức nền tảng và chuyên sâu để phát hiện, phân tích và giải quyết các vấn đề thực tiễn của công nghệ sinh học trong các lĩnh vực thực phẩm, thủy sản, y dược, thú y và môi trường. Người học có khả năng thực hiện các quy trình kỹ thuật cơ bản trong công nghệ sinh học như vi sinh, hóa sinh, sinh học phân tử, công nghệ sinh học động vật, công nghệ sinh học thực vật; đồng thời có năng lực phân tích, thiết kế quy trình sản xuất, quản lý phòng thí nghiệm và phát triển sản phẩm công nghệ sinh học đáp ứng nhu cầu thực tiễn.
Đối với chương trình đào tạo áp dụng từ K68 trở về sau, ngành Công nghệ sinh học được đổi mới theo định hướng ứng dụng, gắn với thế mạnh của Trường Thủy sản và Khoa học sự sống trong các lĩnh vực biển, thủy sản và khoa học sự sống. Chương trình hướng tới đào tạo cử nhân có khả năng vận dụng kiến thức nền tảng và chuyên sâu để phát hiện, giải quyết các vấn đề thực tiễn của công nghệ sinh học theo định hướng biển và thủy sản; áp dụng kỹ năng chuyên sâu để triển khai, vận hành và cải tiến các quy trình công nghệ sinh học cốt lõi phục vụ nghiên cứu, sản xuất và phát triển. Bên cạnh đó, người học được rèn luyện kỹ năng ngoại ngữ, kỹ năng số, kỹ năng mềm, năng lực quản lý quy trình sản xuất và phòng thí nghiệm, tư duy khởi nghiệp, đổi mới sáng tạo, chuyển giao và thương mại hóa sản phẩm công nghệ sinh học.
Chuyên ngành đào tạo
Đối với chương trình đào tạo áp dụng cho K67 trở về trước, chương trình được thiết kế với 02 chuyên ngành: Công nghệ sinh học thực phẩm – thủy sản và Công nghệ sinh học y dược – thú y. Chuyên ngành Công nghệ sinh học thực phẩm – thủy sản định hướng người học vào các lĩnh vực công nghệ sinh học ứng dụng trong thực phẩm, thủy sản, môi trường và tài nguyên sinh học biển. Chuyên ngành Công nghệ sinh học y dược – thú y định hướng người học vào các lĩnh vực vi sinh y học, vaccine, xét nghiệm, sinh học phân tử, tin sinh học và các ứng dụng công nghệ sinh học trong y dược, thú y và thủy sản.
Đối với chương trình đào tạo áp dụng từ K68 trở về sau, chương trình được điều chỉnh theo hướng không còn tách thành hai chuyên ngành riêng, mà tổ chức thành một chương trình tích hợp, thống nhất theo định hướng Công nghệ sinh học ứng dụng gắn với biển và thủy sản. Đây là điểm đổi mới quan trọng so với chương trình trước, giúp sinh viên không học theo các nhánh chuyên ngành tách biệt, mà được trang bị nền tảng chung vững chắc về khoa học sự sống và công nghệ sinh học, sau đó phát triển năng lực ứng dụng vào các vấn đề đặc thù của kinh tế biển, nuôi trồng thủy sản, thực phẩm, môi trường thủy sản và phát triển sản phẩm sinh học. Định hướng này phù hợp với vị trí của Khoa Công nghệ Sinh học trong Trường Thủy sản và Khoa học sự sống, đồng thời phát huy thế mạnh truyền thống của Trường Đại học Nha Trang trong lĩnh vực biển và thủy sản. Chương trình K68 thể hiện rõ hơn trọng tâm biển – thủy sản – ứng dụng – sản phẩm thông qua các học phần như Công nghệ sinh học thủy sản, Thực hành Công nghệ sinh học thủy sản, Công nghệ sinh học trong xử lý môi trường thủy sản, Công nghệ sinh học rong tảo biển, Ứng dụng Omics trong thủy sản, Công nghệ sinh học chuyển hóa phụ phẩm, Công nghệ vi sinh vật, Tin sinh học, Quản lý chuỗi cung ứng và truy xuất nguồn gốc, Phát triển sản phẩm và kinh doanh số. Nhờ đó, người học được chuẩn bị không chỉ để làm việc trong phòng thí nghiệm, cơ sở sản xuất, doanh nghiệp và viện nghiên cứu, mà còn có khả năng tham gia giải quyết các vấn đề thực tiễn của ngành thủy sản, kinh tế biển và phát triển bền vững bằng công nghệ sinh học